選擇什么樣的輸出對抗干擾也很重要，一般輸出帶反向信號的抗干擾要好一些，即A+~A-,B+~B-,Z+~Z-，其特征是加上電源8根線，而不是5根線(共零)。帶反向信號的在電纜中的傳輸是對稱的，受干擾小，在接受設備中也可以再增加判定（例如接受設備的信號利用A、B信號90°相位差，讀到電平10、11、01、00四種狀態時，計為一有效脈沖，此方案可有效進步系統抗干擾性能（計數正確））。
就是編碼器也有好壞，其碼盤\電子芯片\內部電路\信號輸出的差別很大，要不然怎么一個1000線的增量型編碼器會從300多元到3000多元差別那么大呢?
①排除(搬離、封閉、隔離)干擾源，
②判定是否為機械間隙累計誤差，
③判定是否為控制系統和編碼器的電路接口不匹配（編碼器選型錯誤）；①②③方法嘗試后故障現象排除，則可初步判定，若未排除須進一步分析。
判定是否為編碼器自身故障的簡單方法是排除法。具體方法是：用一臺相同型號的編碼器替換上，假如故障現象相同，可基本排除是編碼器故障題目，由于兩臺編碼器同時有故障的小概率事件發生可能很小，可以看作為0。假如換一臺相同型號編碼器上，故障現象立即排除，則可基本判定是編碼器故障。
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